Под сапогом (башмаком) быть (находиться, держать)

Вспомните «Робинзона Крузо». 

Когда только что спасенный Робинзоном дикарь, будущий Пятница, старался заслужить доверие и покровительство повелителя, он, среди прочих знаков покорности, многократно ложился перед хозяином на землю и ставил себе на голову его ногу.

У многих народов было принято падать ниц перед господином и ставить его ногу себе на шею или на голову, выражая этим свое повиновение и покорность.
Обычай этот отразился в словосочетании: «под пятой» - то есть «под властью», «под игом».

Из всего этого уже легко понять и смысл шуточного выражения, стоящего в нашем заголовке: «Быть под башмаком» - быть в подчинении у кого-либо, под чьей-либо властью.